在1575年,威廉王子管理著欧洲少数没有大学的地区之一。此时文艺复兴已开始凸显学术研究的重要性;为了奖励莱顿市民在1574年抵抗西班牙军队的英勇表现,威廉王子遂在此设立大学。
传说威廉王子当时给莱顿市民两个选择,一者是免税,一者是大学;市民认为免税令可被撤销,大学却能延续百年,是故选择了后者。
莱顿大学内设有荷兰最早的植物园——莱顿植物园。
莱顿大学仍执许多研究领域之牛耳,包括自然科学、医学、社会与行为科学、法学、艺术及文学等等,并与四十余个国立研究机构合作。荷兰的最高学术荣誉──斯宾诺莎奖的28位得主中,有7位在莱顿执教。Academiegebouw里悬挂著创校以来的著名教授画像。
获得独立后的荷兰随着经济和政治迅速崛起,也为大学教育的发展创造了必备的条件,但是当时的莱顿大学要想跻身世界一流大学的行列,就必须不惜重金,招聘到第一流的学者来校任教。
在创办初期,莱顿大学就从欧洲各国招聘到各个学科的著名学者,并且为他们提供最优厚的待遇。正是这些来自不同国家的大师们来校任教,才为刚刚创办的莱顿大学搭建起了包括语言学、医学、天文学、自然科学在内的一系列学科框架。
许多外国人慕名来到这里求学。学校统一使用拉丁文授课,所以来自德国、法国、苏格兰、奥地利等国大学生都可以在这里听课。
莱顿大学是荷兰天文学和考古学研究的发源地。1927年,沃尔特教授提供了充分的证据,表明太阳系的所有星球都围绕银河系的中心旋转。