罗切斯特大学由董事会领导，Richard B. Handler为现任董事会主席。校长由董事会任命。现任校长为Sarah Mangelsdorf，其于2019年7月1日接任Richard Feldman。
罗切斯特大学历届校长
Martin Brewer Anderson1853-1888
David Jayne Hill1889-1896
Benjamin Rush Rhees1900-1935
Alan Valentine1935-1950
Cornelis de Kiewiet1951-1961
W. Allen Wallis1962-1975
Robert Sproull1975-1984
Dennis O‘Brien1984-1994
Thomas H. Jackson1994-2005
Joel Seligman2005-2018
Richard Feldman2018-2019（临时）
Sarah C. Mangelsdorf2019-